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Artigo

A contribution of molecular modeling to supramolecular structures in soil organic matter

Resumo

Antecendentes

O conhecimento dos mecanismos de estabilização da matéria orgânica do solo (MOS) é extremamente importante para diversas funções do solo. Para isso, a compreensão da natureza da matéria orgânica por meio de conceitos de modelos apropriados é crucial.

Objetivos

Há vários anos, um debate acalorado surgiu sobre a transformação e estabilização do MOS. Neste trabalho, tentamos contribuir para esse debate usando modelagem molecular e fornecendo uma visão abrangente da história da aplicação de ferramentas de modelagem molecular e desenvolvimento de conceitos estruturais do MOS.

Métodos

Foram utilizados métodos de modelagem molecular baseados em mecânica quântica e/ou clássica para modelar o MOS e propriedades relacionadas, incluindo interações com superfícies reativas de minerais do solo.

Resultados

A modelagem de agregados de MOS revelou que ligações de hidrogênio e pontes de cátions são os principais fatores de estabilização na solução do solo, enquanto o pH modifica a estabilidade. Os agregados supramoleculares de MOS modelados exibem propriedades físico-químicas semelhantes às das substâncias húmicas (SH) descritas na literatura. As interações dos modelos de SH com superfícies em nanoporos de caulinita levaram a uma desintegração parcial dos agregados em moléculas individuais e/ou subagregados menores.

Conclusões

Do ponto de vista da modelagem molecular, os modelos de microagregados supramoleculares que exibem as propriedades das SH são estáveis na solução do solo. No entanto, sua ligação aos constituintes minerais reativos do solo também pode ocorrer na forma de moléculas individuais ou subagregados. Assim, a estabilidade dos microagregados de SH é relativa, dependendo do ambiente de interação. Isso concilia as duas visões das SH: como moléculas pequenas e/ou estruturas supramoleculares.



Abstract

Background

Knowledge of the stabilizing mechanisms of soil organic matter (SOM) is extremely important for numerous soil functions. For this, insight into the nature of organic matter through appropriate model concepts are crucial.

Aims

For several years, a heated debate has emerged on the transformation and stabilization of SOM. In the present work, we try to contribute to this debate using molecular modeling and providing a comprehensive overview of the history of application of molecular modeling tools and developing structural concepts of SOM.

Methods

Molecular modeling methods based on quantum and/or classical mechanics were used to model SOM and related properties including interactions with reactive surfaces of soil minerals.

Results

Modeling of SOM aggregates revealed that hydrogen bonds and cation bridges are the main stabilizing factors in soil solution, whereas pH modifies the stability. The modeled supramolecular SOM aggregates exhibit physicochemical properties, similar to those of humic substances (HS) described in literature. The interactions of the HS models with surfaces in kaolinite nanopores led to a partial disintegration of the aggregates into individual molecules and/or smaller subaggregates.

Conclusions

From the molecular modeling point of view, supramolecular microaggregate models that exhibit the properties of HS are stable in the soil solution. However, their binding to reactive mineral soil constituents can be also in the form of individual molecules or subaggregates. Thus, HS microaggregate stability is relative, depending on the interacting environment. This reconciles two points of view of HS: either as small molecules and/or supramolecular structures.



Martin Hubert Gerzabek
Adelia Justina Aguiar Aquino
Yerko Ignacio Escalona Balboa
Edgar Galicia-Andrés
Peter Grančič
Chris Oostenbrink
Drazen Petrov
Daniel Tunega

2022 - Journal of Plant Nutrition and Soil Science

Palavras-chave:

microagregados, modelagem molecular, interações organo-minerais, teorias de matéria orgânica do solo, estruturas supramoleculares

Termos de indexação:

Substâncias húmicas (SH), minerais do solo, solução do solo, pH, caulinita

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